В музейный комплекс входят 7 тематических блоков: «Таймлайн», «Медиазал», «Наскальное искусство», «Археология», «Естественно-научный», «Сохранение», «Эпос Урал-батыр». Основным экспонатом значится собрание репродукции древних наскальных рисунков, которые изготовили во французском ателье Arc & Os в Монтиньяке. Под данный экспонат выделена самая большая по площади экспозиция, которая находится в самом дальнем зале пещеры. Каждое панно весит порядка 0,8-2 тонн. Они включают в себя несколько слоев кальцита. Благодаря тщательной работе французских ученых, подобранные оттенки точно копируют с оригинальными цветами рисунков.
Другие экспозиции посодействуют максимально погрузиться в атмосферу, которую создали исследователи пещеры Шульган-Таш.
Директор Научно-производственного центра по охране и использованию неподвижных объектов культурного наследия Башкортостана Данир Гайнуллин сообщил, что музей будет представлять собой современный и доступный для гостей комплекс система, совокупность чего-либо, объединённого вместе, имеющего общее предназначение, и отвечающего какой-либо определённой общей цели, который превосходит существующие аналоги по числу ключевых позиций. Музей станет крупным образовательным, культурно-этническим и научно-исследовательским центром середина, главная часть или точка чего-либо, также главное место, сосредоточение важнейших ресурсов страны, территориальной единицы, социальной группы, инфраструктуры и т. п.
Экспозиция расположится на 1/4 музейного спецкомплекса на 4 тыс кв. метров. Также комплекс будет включать магазин сувенирной продукции, зал для конференций, вместимостью 144 человека, а также бар-кафе. Параллельно планируется открытие Всероссийского центра изучения наскальной живописи, который станет первым в собственном роде на Южном Урале. Его стоимость оценивается в 350 млн рублей.
Отмечается, что открытие комплекса позволит прирастить туристический поток. Прирост потока туристов к пещере Шульган-Таш ежегодно фиксируется на уровне 10%.
Также планируется благоустроить берег реки Агидель. Тут будет располагаться причал, который требует углубления и берегоукрепления реки. Также в планах создание пляжной зоны.